厭氧生物反應器的高效運行需綜合調控pH值、營養(yǎng)元素、溫度、毒性適應能力、代謝時間、碳源及傳質條件。實際應用中，需根據進水水質和處理目標動態(tài)調整參數(shù)，確保微生物群落穩(wěn)定和處理效果好。

厭氧生物反應器維持高效率的基本條件

(1)適宜的pH值：為使厭氧順利進行，反應器中的pH值必須在6.5～8.2之間。

(2)充足的常規(guī)營養(yǎng)：反應器內氮的濃度必須在40～70mg/L范圍內才能滿足需要，而磷和硫化物維持較低的濃度即可滿足需要。甲烷菌對硫化物和磷有專性需要，必須在反應器內保證其含量，有時需要向進水中投加磷肥和硫酸鹽。

(3)必要的微量專性營養(yǎng)元素：對甲烷菌有激活作用的專性營養(yǎng)元素有鐵、鈷、鎳、鋅、錳、鉬、銅甚至硒、硼等很多種，缺少其中一種就可能嚴重影響整個生物處理過程。

(4)合適的溫度：厭氧反應一般在30～37℃的中溫條件下運行。

(5)對毒性適應能力：必須完成厭氧微生物對有毒物質適應性的馴化。

(6)充足的代謝時間：要同時保證厭氧生物處理的水力停留時間HRT和固體停留時間SRT。

(7)適量的碳源：來自進水中的有機物要滿足異養(yǎng)型甲烷菌用于生物合成所需要的碳源，同時反應器內的溶解性C02要滿足自養(yǎng)型甲烷菌所需要的碳源。

(8)污染物向微生物的傳質良好：厭氧生物反應器內的顆粒污泥在流化狀態(tài)下傳質能力較好，但生物量過多積累或使用厭氧生物膜法時生物膜過厚都可能產生傳質問題，要定期排出剩余生物污泥或提高回流比減少部分傳質阻力。